5科11种鱼类ITS1特征分析及其在系统分类研究中的适用性

为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442~661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648~661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的GC含量,二级结构和最小自由能,推断该序列为假基因。以鮣为外类群,基于核糖体ITS1序列构建的邻接树显示在物种种类水平上,不同个体的克隆都按种类聚支,ITS1可以用于该类群物种的区分;在属级水平上,ITS1将11属鱼类完全区分开,能够用于属级水平的区分;在科级水平上,虽然鲹科分为2支的分子结果和形态分类存在差异,但ITS1构建的系统关系与线粒体分子标记构建的系统进化树相似。研究表明,核糖体ITS1可以作为一种有效的分子标记用于研究鱼类的系统分类研究,并且不同的分类阶元其解析能力不同,这将为鱼类核糖体的研究提供科学依据。     

11种鲈形目鱼类ITS2特征及系统应用

ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体5.8S和28S基因之间的非编码序列。为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式,本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5科11种鱼类为研究对象,共获得了444条ITS2克隆序列,其长度范围为332～515 bp。比较种内不同序列的长度发现,金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在24 bp的差异,剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在32 bp的差异,这2种鱼类的差异较为明显;其余9种鱼类的长度相对比较保守,长度差异小于14 bp。依据11种鱼类的保守位点数、变异位点数、简约信息位点数、单倍型数、保守位点比例、单倍型多样性指数、核苷酸多样性等特征分析发现,种内存在着不同程度差异,特别是金带细鲹的ITS2序列存在着Type A、Type B和Type C 3种类型,各类型间差异较大。根据序列的多样性特征推断,金带细鲹和剑鱼的进化方式为非协同进化;蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、吉打副叶鲹(Alepes djedaba)和日本竹筴鱼(Trachurus japonicas)的长度和变异位点均存在着一定程度的差异,但差异并不明显,视为不严格的协同进化;泰拉鰆鲹(Scomberoides tala)、布氏鲳鲹(Trachinotus blochii)、尖吻鲈(Lates calcarifer)、射水鱼(Toxotes chatareus)和军曹鱼(Rachycentron canadum) 5种鱼类为协同进化;另外,协同和非协同进化状态与分类系统没有相关性。序列比对发现,大甲鲹种内存在着由协同进化方式演变为非严格的协同进化方式的过度序列;在金带细鲹的3个不同个体中,序列间存在着从协同进化、非严格的协同进化演变为非协同进化的3种进化方式。基于ITS2序列构建的11种鱼类的邻接系统树显示,每种鱼类的克隆都分别按种单独聚为一支,鲹科7属鱼类各属也是单独聚支,表明ITS2不仅可以用在种类的分子鉴定,同时也可以作为分子标记应用于鲹科和属级水平的系统关系研究。     

褐牙鲆(♀)、夏鲆(♂)及其杂交子一代的ITS1序列特征分析

以雌褐牙鲆(Paralichthys olivaceus)、雄夏鲆(P.dentatus)及其子一代为研究对象,对其核糖体基因的ITS1序列进行比较分析。结果表明,ITS1序列具有明显的种间及个体内差异。在雄夏鲆ITS1序列中仅发现1种基因类型(X型),而在雌褐牙鲆及子一代ITS1序列中发现两种差异显著的基因型(X型和Y型)。在亲本中未检测到两种类型的交换重组序列,而在子代中检测到4个X型与Y型的重组序列,说明子代ITS1区域更容易发生交换重组。进一步的遗传距离分析发现,母本与子代之间的遗传距离(0.059)明显大于父本与子代之间的遗传距离(0.018),且子代中X型片段出现的频率(85.5%)远大于Y型片段出现频率(8.7%),表明亲本双方ITS1区域的遗传信息都遗传给了子代并且X型片段的遗传信息明显占有优势,进而从分子水平上证明子代为褐牙鲆与夏鲆的杂交后代。本研究旨在分析牙鲆属亲本及子代的ITS1序列特征,为鱼类核糖体基因的研究积累数据。     

花刺参钙调蛋白cDNA克隆及组织分布

钙调蛋白（ calmodulin,CaM）是一种钙离子（ Ca2＋）结合蛋白,在钙信号传导过程中起重要作用。文章扩增到花刺参（Stichopus monotuberculatus）钙调蛋白（命名为StmCaM）cDNA全长序列。StmCaM cDNA全长1394 bp,其中5＇UTR长138 bp,3＇UTR长806 bp,ORF为450 bp。ORF推导出的StmCaM含149个氨基酸（包含起始蛋白酸）,其预测分子量约为16.7 kDa,理论等电点为4.1。StmCaM氨基酸序列与其他物种的钙调蛋白高度相似,相似度百分比为95.9%~98.0%。采用realtime PCR分析StmCaM基因在花刺参不同组织中的表达,结果显示其在呼吸树中表达量最高,体腔细胞、肠次之,而体壁中表达量最低,几乎检测不到。     

才女虫属复合体的研究进展

才女虫属复合体（Polydora Complex）是典型的底质摄食者,多数种类栖居于潮间带、海湾、河口等近岸水域。其中一些种类是贝类上常见的多毛类寄生虫,能够钻入贝类的壳内营寄生生活,阻碍宿主的生长发育,感染严重时会导致贝类的大量死亡,是严重危害贝类养殖业发展的主要寄生虫类之一。文章从才女虫属复合体的形态分类、分子系统发育、栖居习性、生殖方式、幼体发育等5个方面综述才女虫属复合体的研究现状以及未来趋势。     

基于生态安全格局的新农村规划探索——以广东省饶平县新丰镇洞泉村为例

选取洞泉村为例,以景观生态学原理为指导,选取地形地貌、河流、耕地、林地4个生态控制因子,分别分析各要素引导下的村庄生态安全格局,并利用图形叠加技术,构成洞泉村综合生态安全格局。在此基础上,根据洞泉村用地现状、区位和交通等因素,确定村庄空间拓展方向和用地布局规划。从而充分保障乡村景观生态系统的完整性,彰显地域特色,为社会主义新农村规划提供一些借鉴。     

马氏珠母贝选育群体4个世代的遗传变异

采用9个多态性微卫星位点分析马氏珠母贝(Pinctada fucata)壳高选育品系(JCS)4个世代的遗传多样性与遗传结构的变化。结果表明, 随着选育的进行,  4个世代每个位点的平均有效等位基因数(N_e)从2.096下降至1.435, 平均等位基因丰度(R_s)从3.556下降至 2.556, 平均观测杂合度从0.492渐次下降至0.269, 遗传多样性呈明显的下降趋势。随着选育世代的增加, 从等位基因频率的变化来看, 部分呈上升趋势, 部分呈下降趋势, 部分基本保持稳定, 其中, 一些低频基因甚至会趋于消失。在所有等位基因中, 大部分的频率呈随机变化趋势, 并在不同的世代间上下波动; HHM20- 158 bp的频率呈有规律的变化, 由中高频逐步上升至高频, 呈富集趋势。结论认为, 经过4代的选育, 马氏珠母贝选育群体遗传多样性呈降低趋势, 遗传结构趋于稳定。本研究旨在为后续的马氏珠母贝选育策略提供理论指导。

     

海水贝类养殖中的问题及对策

正近几年,海水养殖业规模迅速扩大,产量大幅度增加,养殖形势及前景良好。继藻类和虾类养殖产业发展高潮之后,贝类养殖已发展为世界最大规模的养殖产业,对沿海经济的发展发挥着重大作用。但由于养殖户发展养殖生产的积极性无度发挥,片面追求高产,重数量、轻管理,过多地消耗资     

太湖梅梁湾生物控藻围栏内鲢、鳙比肠长和比肝重的动态变化

为了解滤食性鱼类的消化生理指标及其生态适应性,2005年1-10月,调查了太湖梅梁湾生物控藻围栏中鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)在不同生长阶段的比肠长和比肝重指数的动态变化,分析了比肠长和比肝重与温度、体长、体重以及饵料组成的关系。结果表明,鲢、鳙比肠长和比肝重的季节变化都非常明显,比肠长均值分别为9.66和5.73,夏季的比肠长均明显增大。总的来看,鲢的比肠长和季节变化幅度均大于鳙,表明在滤食和消化浮游植物上,鲢具有更强的环境适应能力;鲢、鳙的比肠长与水温显著正相关(鲢P<0.01;鳙P<0.05),而与体长、体重以及饵料组成的相关性不显著;温度导致的摄食强度变化应是鲢、鳙比肠长季节变化的主要原因。鲢、鳙的比肝重均值分别为1.57%和1.91%,鳙的比肝重明显大于鲢,这可能与鳙摄食更多的浮游动物有关;鲢、鳙的比肝重与温度、体长、体重以及饵料组成均有显著的相关性(P<0.05),表明生物个体的形态特征与其所利用的资源环境有非常紧密的联系。     

玉足海参与凡纳滨对虾的混养效果

在室内条件下进行了玉足海参与凡纳滨对虾的混养实验,分析了单养与混养两种条件下养殖水体营养盐结构以及底质成分的变化,测定了对虾与海参的存活率与生长性能。结果显示,混养海参可以明显改变养殖系统的营养盐结构,可使水体中的磷酸盐和硝酸盐浓度有所升高,同时也可有效地控制系统中氨氮浓度。混养海参也可以大幅度地降低沉积物中有机质和硫化物含量,实验结束时混养组硫化物含量为(7.71±1.33)mg/kg,仅相当于单养组浓度的1/3。混养海参对对虾生长及存活具有明显的促进作用,其中混养组对虾体长特异增长率为(0.69±0.13)%/d,显著优于单养组(0.45±0.06)%/d;混养组对虾成活率可达72.5%±22.9%,显著高于对照组55.0%±17.5%。在混养系统内,对虾不会对海参的生存造成负面影响,海参能够有效地选择摄食和利用沉积物中的营养物质(对食物中有机质的同化率可达36.36%±13.79%),并以较快的速度生长。结果表明,在对虾养殖系统中混养玉足海参具有明显的环境与经济效益。本研究可为我国海水养殖业的可持续发展提供一定的科学依据。